Antes de la reunión de mañana, 15 de abril

Hola a todos:

Tras la sesión del día 9, como podéis apreciar, la cosa ya está en su recta final; pero todavía no hemos llegado a la meta, digamos que nos quedan unas " dos vueltas"

¡Eh! ¡Que ya menos recorrido por los menos 50!

Quiero que reanalicemos y corrijamos o perfeccionemos los dos documentos de momento clave en nuestra comunicación: 

SUMMARY

DNA from soil samples of Mexico was obtained and 16S rRNA was amplified. The sequence reveals more than 28000 reads identifiable as different bacteria. Our work consisted in the study of a particular group of these sequences. 52 sequencing corresponding to the genera Massilia based in the RDP database (http://rdp.cme.msu.edu/). After a comparison of these sequences together with other Massilia 16SrRNA from databases eight different groups (clades) were formed (1-8). The analysis of the different changes at nucleotide level reveals a pattern of changes according to the predicted secondary structure of the 16S rRNA. Our data indicates a probably novel group(s) of Massilia bacteria in our samples.

CONCLUSIONS

The comparison of 52 sequences of 16SrRNA belonging to Massilia bacteria group reveal 8 clades of similarity. Some of them are novel groups since they are distantly related to Massilia described ribosomal RNA sequences. The analyses of these 8 groups reveal changes of nucleotides in specific positions. Two of these substitutions are localized as compensatory changes in the stem-loop 21+1 of the RNA structure. From these data we can infer the presence of novel group(s) of Massilia bacteria in our samples.

Pero debemos ir pensando ya en el apartado my own ideas. Debe ser personal aunque  si lo queréis hacer alguno en grupos de dos o más podéis hacerlo. Os recomiento que escribáis primero en inglés, aunque sea "patatero" y después lo pongáis en español. Antes de escribid my own ideas, leed con tranquilidad summary and conclusions. Los tiros del: póster y presentación definitivos están yendo por ahí.

Como sabéis estamos llevando en paralelo la escritura del manuscrito y la composición del póster. Por lo tanto dos acciones son necesarias:

• El póster, trabajar la imagen.
• El manuscrito, trabajar la escritura (pasarla al inglés, aunque sea macarrónico; después lo cambiaremos). 

Así me gustaría que para la próxima reunión tuviéramos avanzadas varias tareas. A saber: 
Lámina 2: Señalar con un círculo o cuadrado rojo u otro color que resalte el grupo al que pertenece Massilia. Traducir al ingles el texto!!.

Lámina 3: Texto perfecto, Imagen, transformarla al Ingles. Y a ser posible ponerle colorines. Si no sabéis intentaremos hacerlo rápido todos juntos.
Lámina 4. Debemos crear una sola Imagen y por tanto explicarla. Quiero que la electroforésis de ADN se incluya cono figura C del esquema. Y por tanto retransformar el texto (Ingles tb.).
Lámina 5. Imagen: Deberíamos de ser capaces de señalar la zona amplificada en la estructura y destacar donde se encuentra el dominio 21+1.  
Lámina 6. Deberíamos poner el ejemplo de alineamiento de las 7 copias de ribosómico de E coli. Un dibujo circular indicando donde se encuentran dentro del genoma. Y señalar cómo la página rdp ayuda a la identificación. Si la tarea la llevamos avanzada el día de la reunión eso que sacaremos adelante.
Mañana lo acabamos !!!! 

Dr. Francisco Marti­nez-Abarca
Department of Microbiology
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Spain
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