Alineamiento de secuencias de ARN ribosomal de un grupo de la especie Massilia
El ácido nucleico posee información y acumula cambios a lo largo del tiempo que nos permiten
inferir cómo han evolucionado los organismos vivos. A veces ocurren cambios que no son comunes o que son muy diferentes a los cambios reales posibles , como en este caso donde puede que estemos ante una nueva especie, para poder alinear y observar "fácilmente" un cambio de este calibre utilizamos el programa clon manager, una herramienta de gran peso en nuestro proyecto.
Nos hemos embarcado en una empresa bastante interesante ¿Acaso unos alumnos de 3º, 4º de la ESO y de 1º de Bachiller, junto con un investigador, podemos encontrar una nueva especie de bacteria? Nosotros creemos que si, es más tenemos pruebas de que lo hemos conseguido.
El ácido nucleico posee información y acumula cambios a lo largo del tiempo que nos permiten
inferir cómo han evolucionado los organismos vivos. A veces ocurren cambios que no son comunes o que son muy diferentes a los cambios reales posibles , como en este caso donde puede que estemos ante una nueva especie, para poder alinear y observar "fácilmente" un cambio de este calibre utilizamos el programa clon manager, una herramienta de gran peso en nuestro proyecto.
Nos hemos embarcado en una empresa bastante interesante ¿Acaso unos alumnos de 3º, 4º de la ESO y de 1º de Bachiller, junto con un investigador, podemos encontrar una nueva especie de bacteria? Nosotros creemos que si, es más tenemos pruebas de que lo hemos conseguido.
Nuestro trabajo se ha basado en una ardua búsqueda entre bastantes
códigos genéticos de varias bacterias, y hemos investigado usando la
secuencia RNA 16s de cada bacteria. Lo más curioso es que para esta
investigación no nos ha hecho falta que nosotros fuésemos a un
laboratorio y utilizásemos microscopios, simplemente hemos utilizado un
simple programa informático, el Clone Manager. Tan solo teníamos que
introducir las cadenas de ADN y las comparábamos entre sí. He aquí nuestra sorpresa cuando un día, descubrimos grandes cambios y
nos dimos cuenta de que posiblemente habíamos descubierto una nueva
especie.
Hola Jose Luis y Paula:
ResponderEliminarentiendo que no este claro lo que debeis de hacer, Vuestra aportación es, digamos, la más abstracta de todas. Además la imagen escogida quizás no se adecua a lo que debeis de explicar.
Se os pide:
"Steps in the identification of Bacteria using RNA 16S sequence data.
Examples!!!
Nº of copies in the E coli genome¿?¿?"
Se Trata de reflejar en texto (a ser posible en Ingles; aunque primero lo escribais en Español) y con alguna imagen o esquema de los pasos que hemos seguido para decir desde una secuencia 16S rRNA de que bacteria se trata; recordais?? (Ejercicio del envio 4¿?).
Aqui os pego el correo al que hacia referencia¿?.
"
Nuevos Ejercicios:
1) Os he enviado varias carpetas correspondientes a distintas bacterias (R etli, etc…). En ellas hay dos secuencias: una correspondiente al gen 16SrRNA y otra a todo el cromosoma de cada bacteria. Quiero que me respondais a las siguientes preguntas:
a) Cuántas copias del gen hay?, b) dónde estan? c) Y cómo de distintas o parecidas son entre sí las distintas copias?. Para nota, quien me diga a que Phylum pertenece cada bacteria y como lo ha averiguado??
2) Me interesaria que intentarais “dibujar” el mapa de la localización de las copias del gen 16SrRNA en cada uno de los cromosomas del ejercicio anterior (os adjunto tb como pista el mapa del cromosoma de E coli que hice en la sesión con vosotros, os dará pistas la pestaña "info" de esta secuencia. Os recuerdo la herramienta (“add feature”). Alguna duda estoy localizable
3) Elegir dos moléculas de RNA:
Por ejemplo: 1-16SrRNA de E coli y la S000436216 del segundo envio.
Preguntar a la base de datos RDP (http://rdp.cme.msu.edu/) a qué bacteria se corresponden (Opción classifier: http://rdp.cme.msu.edu/classifier/classifier.jsp):
Anotad todo el orden taxonómico que resulta.
Tenéis que repetir la pregunta empequeñeciendo cada vez más la secuencia. Quiero que me respondáis a varias cuestiones:
Que parte es más informativa de la molécula: los primeros 800 nt o los segundos 800 nt. Son igual?, los primeros 400, los segundos 400 o los terceros 400 (son igual?), y así sucesivamente, Quiero que seamos capaces de deducir si la unidad de trabajo de 400 (equivalente a la secuencia F) es buena, mala o regular para la identificación microbiana y porqué?."
Dr Francisco Martinez-Abarca
Department of Microbiology
C/ Profesor Albareda n 1
18008 Granada
Spain
Phone:+34 958 181600 ext. 311,
Fax: +34 958 129600
Web:http://www.eez.csic.es/?q=en/node/42
Email: fmabarca@eez.csic.es
Está correcto el comentario subido por Paula. Esto quizás lo vamos a utilizar en el apartado de resultados para describir lo que hemos hecho.
EliminarPero, por un momento nos vamos a olvidar de la figura y debemos enumerar los pasos que hay que realizar para identificar una bacteria mediante su ADN (lo recordais¿?).
Intentad llevarlo a cabo.
PACO
Dr Francisco Martinez-Abarca
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Esta ultima entrada de Jose Luis resume muy bien lo que hemos hecho y lo que debemos de ser capaces de transmitir a cualquier persona que se acerque a nuestra comunicación (ya sea Poster, Charla, conferencia, seminario a compañeros, etc...).
ResponderEliminarPero, ... Fijaros que para entender en su dimension o que comenta Jose Luis debemos de ser capaces de transmitir que lo que decimos tiene una "lógica" aplastante. Para ello, es necesario que expliquemos los pasos seguidos para poder decir que:
Las secuencias que hemos encontrado se corresponden con algo "nuevo" y que de alguna manera debe estar relacionado con el genero Massilia!!.
Que pasos hemos seguido para ello? que hemos comparado? donde lo hemos comparado?.
Bueno, todo esto y por partes es lo que hay que escribir de momento en este apartado.
Aupa Team!!!
Dr Francisco Martinez-Abarca
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