Tras Bilbao...

¡¡¡Una experiencia “irrepetible”!!!

Tan solo comentaros mis sensaciones de dos días y medios muy intensos. Al igual que muchos de los componentes de los proyectos PIIISA, era mi primer Ciencia en Acción. Por lo tanto al igual que muchos, había nervios, improvisación, y sobre todo dudas … .

Después de lo que hicimos y de cómo lo hemos hecho, no me queda ninguna duda de que hicimos ALGO GRANDE. Diseñamos la actividad para que la gente, e incluso nosotros mismos nos quedáramos con la boca abierta sobre lo que jóvenes de secundaria pueden adquirir cuando se focalizan en proyectos tan ambiciosos como el nuestro: Descubrir nuevas especies “mirando” su ADN.

Al final nos puede quedar la sensación de que merecimos mucho más…; pero eso no es lo importante, lo importante es que lo dimos todo y lo hicimos realmente bien.

Enhorabuena a todos los que habéis contribuido a su éxito.

 















Dr. Francisco Martínez-Abarca

EEZ-CSIC

Department of Microbiology

C/ Profesor Albareda 1

18008 Granada

Spain

Phone: +34 958 181600 ext. 311

Fax +34 958 129600

Web:  http://www.eez.csic.es/?q=en/node/42

Email: fmabarca@eez.csic.es

Y si cualquiera puede convertirse en un experto Taxónomo

Este es el mensaje que deberíamos de dejar claro en Ciencia en Acción. Pero, ¿cómo dar ese mensaje?

La gente tiene que aprehender el concepto de lo que significa disponer de una secuencia de DNA y su poder en taxonomía!!!. Esto, aunque no lo creamos, no es tan fácil; incluso en el mundo de la Sistemática (la ciencia que ordena los cajones de la "vida" y les pone nombres) no todo el mundo estaría de acuerdo con esa premisa. En muchos casos el componente está ligado a una geografía "particular"; y eso ¿cómo "casa" con una comparativa de DNA?

Pero... Como todo en ciencia,  el pragmatismo es importante.

Y entre tener una secuencia de DNA y no tenerla, es preferible tenerla.

Bien... ya tenemos la secuencia de DNA, ¿y ahora qué?

¿Deberíamos de ser capaces de usar programas de comparación??

¿Programas que generen distancias entre especies??

Y por supuesto, saber mirar a que bases de datos dirigirnos ¿?¿?

En base a estas premisas es cómo debemos planificar, toda una historia "interactiva" con el público en Bilbao.

¡¡¡Aupa las ideas!!!

Me gustaría que en parte las fuéramos soltando ya en el Blog!!!

Podéis tener una vista más detallada del póster en este enlace.

Dr Francisco Marti­nez-Abarca
Department of Microbiology
C/ Profesor Albareda n 1
18008 Granada
Spain

Tras el seminario de Gloria

El seminario de Gloria del pasado Lunes 17 de Junio ha supuesto toda una prueba de madurez para el colectivo de bacterias y bioinformática del PIIISA 2013. Toda una muestra más de que lo que hemos realizado se enmarca dentro de una ciencia de lo más actual. Gloria ha ejemplificado lo bien que casan en la biologia actual los ordenadores con las nuevas técnicas de estudio de la naturaleza (la Biología Molecular).

Tan solo un apunte a lo que ella nos comentó. Entre todas las cosas que nos dijo, yo destacaría su último proyecto: el del estudio de los endosimbiontes obligados de Micorizas; y...,  si ese hecho es mucho más comun en la naturaleza de lo que nos creemos. Me refiero al hecho de convivir con endobacterias en nuestras células. Y si, además de en Micorrizas, también sucede en animales y en plantas y hasta ahora se nos ha pasado inadvertido. 

Sería realmente curioso que en la naturaleza existieran multiples ejemplos de lo que en su día debieron ser las mitocondrias y cloroplastos tan bien estudiados.
En relación a ésto os recomiendo que le echeis un vistazo al articulo adjunto (Timmis y col; Nature Genetics 2004). Es un estudio muy razonable de cómo debio de surgir la vida eucariota; y los datos que apoyan esa teoría.
Bueno, quien sabe, si somos productos de múltiples simbiosis ya lo iremos viendo en un futuro.
Un saludo … y
buen verano!!!
PACO
Timmis y col. (2004). Endosymbiontic gene transfer: organelle genomes forge eukariotyc chromosomes.

Interactions and alliances in the rhizosphere: Plants, arbuscular mycorrhiza and bacteria

El dia 17 de Junio de 2013 a las 17:00 horas en el salon de Actos de la Casa Amarilla (el edificio de la entrada de color amarillo), Gloria Torres Cortés, del departamento de Genética de la University of Munich (LMU) (http://www.genetik.biologie.uni-muenchen.de/) nos dará una charla titulada:
"Interactions and alliances in the rhizosphere: Plants, arbuscular mycorrhiza and bacteria"
(el título y las diapositivas serán en ingles pero la charla la hará en castellano)

Esta charla será un repaso de su "carrera investigadora" y nos hablará sobre:

• Llos resultados de su tesis; sobre los que algunos estais algo familiariados.
• (Sobre micorrizas arbusculares (http://es.wikipedia.org/wiki/Micorriza) tb hay expertos en este tipo de investigación en nuestro centro (http://www.eez.csic.es/?q=es/node/4112).
• Bacterias endosmbioticas. Todo un mundo nuevo del que se sabe muy poco, y ella es una de los pioneras en este campo.
• Viajes, amigos, anecdotas, ...

La charla sera de unos 30-40 min. espero que surjan todas las preguntas y que no se nos quede ninguna en el tintero.

Dr Francisco Marti­nez-Abarca
Department of Microbiology
C/ Profesor Albareda n 1
18008 Granada
Spain

¡¡¡La superguinda!!!

Hola a todos:

Ayer fue un dia no intenso, sino intensíiiiiiiiiiiiiiiiiisssssssssssssiiiiiiiiiiiiiimo.ENHORABUENISIMA
.

De manera sorprendente, Ciencia en Accion (http://www.cienciaenaccion.org/) consideró nuestro trabajo como más que digno participante en el concurso internacional de trabajos en Ciencia que tendrá su fase nacional preliminar en Bilbao del 4-6 de Octubre (se eligieron dos, el otro el de exoplanetas).

Aun no tengo claro como lo vamos a hacer, pero sé que no podremos ir todos o al menos la beca de viaje no da para los diez. Cuando me entere de los detalles os lo haré saber, pero como veis todavía debe de pasar todo el verano para participar en el evento. Aunque espero que en los proximos dias lo dejemos fijado ya.

El dia de ayer estuvo lleno de múltiples detalles; todos y cada uno han contribuido ha que hayamos conseguido estar en lo más alto de un SEÑOR CONGRESO con 60 comunicaciones. Debemos de sentirnos muy orgullosos de nosotros mismos y de todos en general, porque TODOS, hemos conseguido hacer un verdadero equipo (alumnos, coordinadores, y EEZ).

¡¡¡SEÑORES, no somos los mismos que empezamos el mes de Noviembre!!!

¡¡¡Que bien lo hemos hecho!!!!

Hip,hip,hip, hip, HURRRRRRA!!!!

*Os recomiendo que leais los comentarios de Linn en la entrada del dia 5 de Mayo. Son comentarios premonitorios.

Dr Francisco Marti­nez-Abarca
Department of Microbiology
C/ Profesor Albareda n 1
18008 Granada
Spain

II Congreso PIIISA en la EEZ-CSIC

El Pasado Jueves 2 de Mayo de 2013 fue el congreso de la EEZ-CSIC.
Creo que será un día para recordar en muchos sentidos. Una verdadera puesta de largo en lo que a Ciencia se refiere. Nuestro proyecto se unió a otros 5 de la EEZ en un verdadero congreso científico que no tiene nada que envidiar a otros. Insisto que no es tan fácil presentar los datos de un trabajo en Inglés, y tener el suficiente nervio y “templanza” para hacerlo. Cristina y José Luis lo hicieron tan “fácil” que parece que cualquiera podríamos haberlo hecho igual de bien. De hecho, a día de hoy yo también estoy más que convencido de que muchos de vosotros podríais haberlo hecho igual de bien. Porque el trabajo fue fruto de todos.
 

Tan sólo me quedan varias dudas; y una de ellas es si hemos sabido reflejar con la suficiente intensidad todo y cada uno de los pasos dados hasta llegar a la conclusión que hemos llegado: Esto es “en nuestras muestras de ADN hay indicios de nuevos ‘grupos’ de Massilia no descritos”.
Fijaros que varias de las preguntas que surgieron fueron en ese sentido y he de reconocer que vuestras respuestas (Jaro, José Luis y Alba) fueron científicamente comedidas y EXACTAS. A alguno puede que le supieran a poco, pero para mi fue bueno que fuéramos precisos. Una de las cualidades que más valoro en la ciencia es la honestidad.
Resumiendo, lo conseguimos y con Nota Alta.
Nos queda la foto del congreso del 22. Todavía la Superguinda!!!.

Dr Francisco Marti­nez-Abarca
Department of Microbiology
C/ Profesor Albareda n 1
18008 Granada
Spain

Antes de la reunión de mañana, 15 de abril

Hola a todos:

Tras la sesión del día 9, como podéis apreciar, la cosa ya está en su recta final; pero todavía no hemos llegado a la meta, digamos que nos quedan unas " dos vueltas"

¡Eh! ¡Que ya menos recorrido por los menos 50!

Quiero que reanalicemos y corrijamos o perfeccionemos los dos documentos de momento clave en nuestra comunicación: 

SUMMARY

DNA from soil samples of Mexico was obtained and 16S rRNA was amplified. The sequence reveals more than 28000 reads identifiable as different bacteria. Our work consisted in the study of a particular group of these sequences. 52 sequencing corresponding to the genera Massilia based in the RDP database (http://rdp.cme.msu.edu/). After a comparison of these sequences together with other Massilia 16SrRNA from databases eight different groups (clades) were formed (1-8). The analysis of the different changes at nucleotide level reveals a pattern of changes according to the predicted secondary structure of the 16S rRNA. Our data indicates a probably novel group(s) of Massilia bacteria in our samples.

CONCLUSIONS

The comparison of 52 sequences of 16SrRNA belonging to Massilia bacteria group reveal 8 clades of similarity. Some of them are novel groups since they are distantly related to Massilia described ribosomal RNA sequences. The analyses of these 8 groups reveal changes of nucleotides in specific positions. Two of these substitutions are localized as compensatory changes in the stem-loop 21+1 of the RNA structure. From these data we can infer the presence of novel group(s) of Massilia bacteria in our samples.

Pero debemos ir pensando ya en el apartado my own ideas. Debe ser personal aunque  si lo queréis hacer alguno en grupos de dos o más podéis hacerlo. Os recomiento que escribáis primero en inglés, aunque sea "patatero" y después lo pongáis en español. Antes de escribid my own ideas, leed con tranquilidad summary and conclusions. Los tiros del: póster y presentación definitivos están yendo por ahí.

Como sabéis estamos llevando en paralelo la escritura del manuscrito y la composición del póster. Por lo tanto dos acciones son necesarias:

• El póster, trabajar la imagen.
• El manuscrito, trabajar la escritura (pasarla al inglés, aunque sea macarrónico; después lo cambiaremos). 

Así me gustaría que para la próxima reunión tuviéramos avanzadas varias tareas. A saber: 
Lámina 2: Señalar con un círculo o cuadrado rojo u otro color que resalte el grupo al que pertenece Massilia. Traducir al ingles el texto!!.

Lámina 3: Texto perfecto, Imagen, transformarla al Ingles. Y a ser posible ponerle colorines. Si no sabéis intentaremos hacerlo rápido todos juntos.
Lámina 4. Debemos crear una sola Imagen y por tanto explicarla. Quiero que la electroforésis de ADN se incluya cono figura C del esquema. Y por tanto retransformar el texto (Ingles tb.).
Lámina 5. Imagen: Deberíamos de ser capaces de señalar la zona amplificada en la estructura y destacar donde se encuentra el dominio 21+1.  
Lámina 6. Deberíamos poner el ejemplo de alineamiento de las 7 copias de ribosómico de E coli. Un dibujo circular indicando donde se encuentran dentro del genoma. Y señalar cómo la página rdp ayuda a la identificación. Si la tarea la llevamos avanzada el día de la reunión eso que sacaremos adelante.
Mañana lo acabamos !!!! 

Dr. Francisco Marti­nez-Abarca
Department of Microbiology
C/ Profesor Albareda n 1
18008 Granada
Spain
Phone:+34  958 181600 ext. 311,
Fax: +34 958 129600
Web:http://www.eez.csic.es/?q=en/node/42
Email: fmabarca@eez.csic.es

Lámina 6

Alineamiento de secuencias de ARN ribosomal de un grupo de la especie Massilia
El ácido nucleico posee información y acumula cambios a lo largo del tiempo que nos permiten
inferir cómo han evolucionado los organismos vivos. A veces ocurren cambios que no son comunes o que son muy diferentes a los cambios reales posibles , como en este caso donde puede que estemos ante una nueva especie, para poder alinear y observar "fácilmente" un cambio de este calibre utilizamos el programa clon manager, una herramienta de gran peso en nuestro proyecto.
Nos hemos embarcado en una empresa bastante interesante ¿Acaso unos alumnos de 3º, 4º de la ESO y de 1º de Bachiller, junto con un investigador, podemos encontrar una nueva especie de bacteria? Nosotros creemos que si, es más tenemos pruebas de que lo hemos conseguido.

Nuestro trabajo se ha basado en una ardua búsqueda entre bastantes códigos genéticos de varias bacterias, y hemos investigado usando la secuencia RNA 16s de cada bacteria. Lo más curioso es que para esta investigación no nos ha hecho falta que nosotros fuésemos a un laboratorio y utilizásemos microscopios, simplemente hemos utilizado un simple programa informático, el Clone Manager. Tan solo teníamos que introducir las cadenas de ADN y las comparábamos entre sí. He aquí nuestra sorpresa cuando un día, descubrimos grandes cambios y nos dimos cuenta de que posiblemente habíamos descubierto una nueva especie.

Lámina 5

Lámina 4

En las bacterias, los genes que codifican los ARN ribosómicos están organizados en operones. Un operón está formado por un grupo o complejo de genes estructurales que se transcriben a ARNs a partir de una secuencia reguladora denominada promotor. Este promotor es la zona que controla el inicio de la transcripción del operon. 

Cada operón ribosómico contiene genes para los distintos tipos de ARN ribosómicos separados por regiones no codificantes denominadas resgiones espaciadoras o intergénicas. Estos genes, en el caso de los operones ribosomales, son los que codifican los ARN 23S (en la figura el gen rrl), los ARN 16S (rrs) y los ARN 5S (rrf).

Este operón contiene dos promotores, P1 y P2, situados en la región anterior al fragmento que codifica los ARN 16S. A partir de aquí se sintetiza un ARN con todos los fragmentos de ARN ribosomal que posteriormente son cortados en los tres tipos descritos mediante la ARNasa III, un enzima que corta las moléculas de ARN.

Para nosotros es de interés el ADN ribosómico 16S a partir de cuya secuencia vamos a obtener información filogenética y taxonómica sobre los distintos grupos de Massilia.

Para averiguar el tamaño de las moléculas de ADN realizamos una electroforesis.
La electroforesis es una técnica preparativa que utilizamos para purificar moléculas parcialmente antes de secuenciar ADN.
Concretamente nosotros hemos realizado una electroforesis en gel de agarosa donde aparecen varias bacterias, entre ellas Massilia, con la que hemos trabajado.